Der Wissenschaftliche Rat bildet die Brücke aus der universitären Landschaft in die Akademie hinein und erfüllt damit den Satzungszweck, „die wissenschaftliche Vertiefung des katholischen Weltverständnisses zu fördern“. Der Rat bündelt Forschungstrends verschiedenster Fächer und bürgt für das hohe akademische Niveau des Hauses. Aktuell besteht er aus 24 Lehrenden bayerischer Hochschulen und unterstützt die Akademie insbesondere in der Erfüllung seiner Satzungsaufgabe.