Katholische Theologie kann in Passau, von zwei kurzen Unterbrechungen abgesehen, bereits seit 1622 studiert werden. Damals errichteten die Jesuiten eine Hochschule, die nach der Aufhebung des Ordens 1773 als Fürstbischöfliche Akademie mit universitätsähnlichem Charakter weitergeführt, im Zuge der großen Säkularisation am Beginn des 19. Jahrhunderts jedoch sukzessive aufgehoben wurde. Anknüpfend an die alte Studientradition rief der bayerische König Ludwig I. 1833 ein Lyzeum mit einer philosophischen und einer theologischen Abteilung ins Leben. Diese anfangs im ehemaligen Jesuitenkolleg und seit 1919 in einem Neubau in der Michaeligasse untergebrachte Lehranstalt wurde 1923 in "Philosophisch-Theologische Hochschule" umbenannt und - nach vorübergehender Schließung durch die Nationalsozialisten während des Zweiten Weltkrieges - 1978 als Katholisch-Theologische Fakultät mit 13 Lehrstühlen in die neu gegründete Universität Passau integriert. Aufgrund des Ergänzungsprotokolls zum bayerischen Kondorat wurde die Katholisch-Theologische Fakultät mit Beginn des WS 2009/10 für ruhend erklärt und als Department für Katholische Theologie in die Philosophische Fakultät überführt.